Lungo il tratto digestivo risiedono abitualmente delle complesse comunità microbiche conosciute come microbiota intestinale, che svolgono attività utili al buon funzionamento sia del tratto digestivo stesso che dell’organismo in generale. Oltre al microbiota intestinale, rilevanti sono anche il microbiota vaginale, il microbiota della pelle ed il microbiota delle vie aeree ed urinarie.